В 60-е годы развитие новых технологий и формирование крупных территориально-промышленных комплексов в Сибири и на Востоке страны поставило множество медико-биологических проблем по изучению взаимодействия организма человека с большим комплексом производственных и экологических факторов. Снижение заболеваемости, эффективная профилактика, сохранение и развитие здоровья человека требовали создания подлинной «индустрии здоровья» на основе глубокого изучения молекулярно-биологических, физико-химических, иммунологических и других закономерностей жизнедеятельности человека. Решением Президиума Совета Министров СССР (Протокол № 17 от 6 мая 1970г.) и приказом Министра здравоохранения № 545 от 10 августа 1970г. в Новосибирске был организован СФ АМН СССР и ИКЭМ. Первым председателем филиала и директором института стал инициатор организации филиала в Сибири, в то время ректор Медицинского института, академик АМН В.П. Казначеев.
Новому академическому институту были определены следующие основные направления научной деятельности: изучение физиологических, биологических и иммунологических изменений в организме человека в процессе адаптации; разработка систем профилактики и лечения острых и хронических заболеваний различных систем организма, возникающих в процессе адаптации. В 1972 году ИКЭМ был утвержден головным учреждением по проблеме союзного значения «Физиология и патология механизмов адаптации человека в различных климато-географических и производственных регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера».
Коллективом ученых ИКЭМ Сибирского отделения Российской академии медицинских наук была разработана целевая комплексная межрегиональная программа «Адаптация человека», в развитие этого направления была разработана программа «Северный Дом», как новый раздел в глобальной экологии человека, направленная на решение основных медико-биологических задач по сохранению и развитию здоровья коренных и пришлых популяций в условиях современного освоения Крайнего Севера. В эти годы учеными ИКЭМ был открыт новый биологический феномен, получивший название синдрома полярного напряжения, как особой формы адаптивного хронического напряжения организма, в основе которого лежит целый спектр субклеточных, клеточных и организменных изменений, наблюдающихся при комплексном воздействии на человека экологических факторов высоких широт. Этот синдром проявляется в виде комплекса общепатологических системных синдромов и характеризуется тенденцией к вялому хроническому течению заболеваний, недостаточностью репарационных процессов и склонностью к склерогенным реакциям.
Для усиления научно-медицинской деятельности в 1982 году в ИКЭМ начала функционирование клиника на 200 коек, в которой было четыре терапевтических отделения со специализацией в области пульмонологии, кардиологии, гастроэнтерологии, реабилитации и восстановительного лечения, и блок интенсивной терапии.
Более подробная информация о создании ИКЭМ – см. в разделе «Документы НИИЭКМ» документ «Казначеев В.П. ИКЭМ 25 лет».
ИКЭМ организационно был создан как институт междисциплинирного, очень сложного строения, способный формировать готовые коллективы, в перспективе способные создать специализированные крупные институты. Из ИКЭМа вышли 5 новых крупных институтов – см. в разделе «Документы НИИЭКМ» документ «Главные даты в истории НИИЭКМ ФИЦ ФТМ», а ИКЭМ после их ухода был преобразован в НИИ общей патологии и экологии человека, затем НЦКЭМ и далее НИИЭКМ. Основные результаты научной деятельности ИКЭМ – см. в разделе «Документы НИИЭКМ» документ «Справка ИКЭМ 1990 год»; НИИОПЭЧ – документ «Справка НИИОПЭЧ 2001 год», НЦКЭМ – документ «Справка НЦКЭМ 2010 год».
В 2018 году четыре НИИ – НИИЭКМ, НИИ биохимии, НИИ молекулярной биологии и биофизики, Институт молекулярной патологии и патоморфологии реинтегрировались на новом этапе развития фундаментальной науки в ФИЦ ФТМ. Это было обусловлено тем, что появились новые возможности междисциплинарного подхода к решению научных проблем, а интеллектуальный потенциал объединившихся научных учреждений создал возможности генерации новых идей и их развития без риска утраты не только собственных уже сформировавшихся, но и иных, предполагаемых к совместному решению, научных направлений.
С момента основания и до 1998 года директором ИКЭМ (далее НИИ общей патологии и экологии человека) был его организатор, выдающийся мыслитель, талантливый ученый, терапевт, патолог, эколог, академик РАН (РАМН), доктор медицинских наук, профессор КАЗНАЧЕЕВ Влаиль Петрович (см. в разделе «Документы НИИЭКМ» документ «КАЗНАЧЕЕВ Влаиль Петрович»; документ «Казначеев В.П. Феномен человека и проблемы сибирского евразийства»; документ «Открытие мемориальной доски памяти В.П. Казначеева»). С 1998 по 2000 год Институт возглавлял член-корреспондент РАМН, доктор медицинских наук, профессор ДЕНИСОВ Валерий Николаевич; с 2001 по 2016 год – Заслуженный деятель науки РФ, академик РАН, доктор медицинских наук, профессор ШКУРУПИЙ Вячеслав Алексеевич (см. в разделе «Документы НИИЭКМ» документ «ШКУРУПИЙ Вячеслав Алексеевич»); с 2016 года до момента реорганизации в ФИЦ ФТМ – доктор биологических наук, профессор ШЕСТОПАЛОВ Александр Михайлович. В настоящее время институтом руководит доктор биологических наук, профессор СЕЛЯТИЦКАЯ Вера Георгиевна.