Институт создан в октябре 1998 г. на основе объединения НИИ молекулярной патологии и экологической биохимии (год образования 1992) и НИИ медицинской и биологической кибернетики (год образования 1992) Сибирского отделения РАМН.

В 2018 году институт вошел в состав ФИЦ ФТМ в качестве структурного подразделения. В Институте работают 66 сотрудников, в том числе 39 научных сотрудников, из них 2 академика РАН,1 чл.-корр. РАН, 9 докторов и 14 кандидатов наук.