Основные направления деятельности НИИ вирусологии:

1. Проведение фундаментальных научных исследований по выявлению вновь возникающих и возвращающихся вирусных инфекций, изучение молекулярно-биологических свойств выявленных патогенов. Оценка влияния выявленных патогенов на социально-значимые соматические заболевания человека.
2. Разработка новых принципов и технологий диагностики, лечения вновь возникающих и возвращающихся заболеваний вирусной этиологии.
3. Расширение и развитие международных научных связей с зарубежными научно-исследовательскими организациями и университетами с целью обмена опытом, сокращения времени на получение результатов международного уровня в заявленной области знаний и исследований, поиски заинтересованных партнеров для внедрения разработанных средств и технологий, повышение престижа отечественной науки.
4. Подготовка высококвалифицированных научных и медицинских кадров на местах и в ведущих отечественных и международных центрах по заявленной научной проблематике

Основные научные направления:

1. Риск-ориентированный мониторинг зоонозов, в том числе:

• проведение анализа циркулирующих зоонозов опасных для человека и сельскохозяйственных животных в малоизученных резервуарах (птицы, морские и водные млекопитающие, домашние кошки и собаки, летучие мыши, ввозимые обезьяны) азиатской части России, оценка рисков их передачи человеку и сельскохозяйственным животным.
• оценка и анализ антропогенного влияния на циркуляцию возбудителей зоонозов в малоизученных резервуарах на территориях с разной антропогенной и техногенной нагрузкой.
• разработка системы риск-ориентированного мониторинга зоонозов азиатской части России в малоизученных резервуарах.

2. Оптимизация диагностики и контроля ОРВИ, в том числе:

• изучение этиологической структуры острых респираторных вирусных инфекций в рамках сотрудничества с больницами г. Новосибирска и Новосибирской области, а также выделение, антигенный анализ и изучение биологических свойств штаммов вируса гриппа человека, циркулирующих на территории Западной Сибири.
• оценка токсичности in vitro (культуры клеток) и in vivo (лабораторные животные) вакцин, а также новых соединений, перспективных для использования в медицинской практике.
• изучение противовирусной активности соединений и препаратов in vitro (культуры клеток) и in vivo (лабораторные животные) в отношении вируса гриппа, в том числе новых штаммов вируса гриппа птиц, потенциально опасных для человека и млекопитающих.
• изучение патогенеза гриппозной инфекции у лабораторных животных, вызванной различными штаммами вируса гриппа (в том числе высокопатогенного вируса гриппа птиц), с целью оценки патогенности для млекопитающих; оценки рисков, эпидемического и пандемического потенциала для человека.

3. Экология вирусов, в том числе:

• молекулярная вирусология и молекулярная эпидемиология вирусов гриппа (Avian Influenza viruses), экология вирусов гриппа и их хозяев, механизмы межвидовой передачи, изучение высокопатогенного вируса птичьего гриппа (HPAI) и его патогенности с использованием животных моделей;
• антигенная изменчивость и эволюция  вируса гриппа.
• молекулярная эпидемиология и вирусология птичьих парамиксовирусов (Avian Paramyxoviruses).

4. Молекулярно-генетические исследования, в том числе:

• изучение первичной структуры в первую очередь геномов вирусов гриппа, циркулирующих как в человеческой популяции, так и среди животных, а также изучение геномов других вирусных патогенов с гемагглютинирующей активностью (парамиксовирусы различных типов, в т.ч. вирус болезни Ньюкасла), циркулирующих в популяции птиц на территории азиатской части РФ.
• анализ аминокислотных замен, а также паттернов их накопления и фиксации, выявление изменений в антигенных детерминантах и функциональных участках белков вирусных патогенов.
• изучение генетических основ патогенеза гриппа.
• выявление вирусных патогенов в биологических пробах молекулярно-биологическими методами. Типирование и субтипирование вирусов гриппа, циркулирующих среди животных.
• разработка и апробация методов экспресс-идентификации вирусов гриппа типов А и B.
• изучение генетического разнообразия вирусных патогенов.

5. Экспериментальная онкология, в том числе:

• изучение эффективности онколитических вирусов в качестве противопухолевых агентов, которые обладают способностью избирательно убивать злокачественные клетки, не затрагивая при этом здоровые нетрансформированные клетки.
• поиск онкотерапевтических агентов против злокачественных новообразований и разработка методик их применения.
• исследование эффективности прямого онколизиса опухолевых клеток и иммуномодулирующей активности новых противоопухолевых препаратов на основе природных штаммов вируса болезни Ньюкасла с использованием моделей и методов экспериментальной онкологии in vitro и in vivo .
• изучение механизмов противоопухолевого действия онколитических вирусов для выявления избирательности противоопухолевого потенциала по отношению к разным типам опухолей, а также прогнозирования течения опухолевого процесса, выбора оптимальных терапевтических доз и индивидуализации терапии.

Основные достижения НИИ вирусологии:

Среди мировых достижений НИИ вирусологии – разработка критериев оценки экологической и социальной значимости новых и вновь возникающих вирусных антропозоонозных инфекций; впервые для азиатской части РФ разработаны методики проведения филогеографических исследований синантропных птиц в Центральной Азии; ряд разработок по диагностике РНК-содержащих вирусов.

Изучены биологические свойства и генетические особенности полученных штаммов вирусов гриппа птиц H5N1 и H1N1pdm09., созданная коллекция высокопатогенных штаммов задепонирована в государственные коллекции ФБУН ГНЦ ВБ Вектор (Новосибирск) и НИИ гриппа (Санкт-Петербург). Создана коллекция штаммов вируса болезни Ньюкасла, обладающих онколитическими свойствами и перспективных для создания антираковых препаратов. Штаммы задепонированы в государственные коллекции ФБУН ГНЦ ВБ Вектор (Новосибирск), НИИ вирусологии им. Ивановского (Москва).