Институт молекулярной патологии и патоморфологии ФИЦ ФТМ (первоначальное название – НИИ региональной патологии и патоморфологии СО РАМН) создан в 1992 г. в соответствии с Приказом Российской академии медицинских наук (РАМН) № 54 от 07.10.1992 г. на основании Постановления Президиума РАМН № 42 от 10.06.1992 г. (Свидетельство о государственной регистрации № 11301 от 17.08.1992 г.) Создание Института предполагало координацию патоморфологических исследований на Востоке страны и разработку ключевых проблем патоморфологии – общепатологических процессов, что было направлено на выявление структурных основ клинической и экспериментальной патологии и на разработку методов клинико-морфологической диагностики и прогноза важнейших заболеваний человека.
Следует заметить, что создание в Новосибирске Института патоморфологии было неслучайным, ибо Новосибирск – город целой плеяды известных ученых морфологов (патологоанатомов, анатомов, гистологов, цитологов, эмбриологов).
С момента основания и до 2015 г. директором Института молекулярной патологии и патоморфологии был его организатор – Заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент РАН, доктор медицинских наук, профессор Непомнящих Лев Моисеевич. Под руководством Льва Моисеевича Непомнящих в Институте была существенно расширена тематика научных исследований, созданы новые направления, организована подготовка кадров высшей квалификации в области патоморфологии, морфологии, клеточной биологии, что способствовало становлению научной школы морфологов, представители которой характеризуются широким научным кругозором, владением самой передовой методологией научного поиска и являются продолжателями традиций выдающихся отечественных ученых-патологов.
В настоящее время институтом руководит доктор биологических наук, профессор Лушникова Елена Леонидовна.