Окончил в 1999 г. Новосибирский государственный аграрный университет, в 2002 г. получил специализацию по работе с опасными инфекциями в Научно-исследовательском противочумном институте (г. Иркутск).  В 2004 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Разработка метода культивирования патогенных микобактерий на перевиваемой культуре клеток».

Ведущий российский исследователь зоонозных патогенов в малоизученных / недостаточно изученных резервуарах (морские млекопитающие, водные животные, летучие мыши, ввозимые в Россию приматы, млекопитающие океанариумов и дельфинарий, а также перелетные птицы).

Алексеев А.Ю. входит в список авторов Монографии «Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней: Практич. руководство» (2009 г.). В составе коллектива института проведен ряд разработок по диагностике РНК-содержащих вирусов на основе иммунологических и молекулярно-биологических методов, включая 9 патентов на оригинальные и адаптированные штаммы вируса гриппа.

За последние годы исследований, Алексеевым А.Ю. проведен анализ некоторых циркулирующих зоонозов в малоизученных резервуарах на территории азиатской части России, а именно: серомониторинг гриппа типа А у домашних кошек и собак; серомониторинг токсоплазмоза у домашних кошек и собак; молекулярный и серологический мониторинги токсоплазмоза, туберкулеза, бруцеллеза, вируса гриппа, морбилливирусов, герпесвирусов, коронавирусов у морских млекопитающих Каспийского, Черного, Охотского морей, побережья Северного ледовитого океана, а также содержащихся в неволе; молекулярный и серологический мониторинги опасных зоонозов протозойной, бактериальной и вирусной этиологии у разных видов обезьян, завозимых в Россию; вирусологический и молекулярный мониторинг гриппа, омской-геморрагической лихорадки у водных млекопитающих (ондатра); вирусологический и молекулярный мониторинг вирусных зоонозов у летучих мышей. Проведена оценка и анализ антропогенного влияния на циркуляцию возбудителей зоонозов в малоизученных резервуарах на территориях с разной антропогенной и техногенной нагрузкой.

Является членом Всемирного общества вирусологии (World Society of Virology, https://www.ws-virology.org/) с 2018 года. Член редакционного совета журнала «Юг России: экология, развитие» с 2017 года. За многолетнее плодотворное сотрудничество с коллегами из Монголии присвоено звание «почетный профессор» в Национальном центре по изучению природно-очаговых инфекций Министерства здоровья Монголии в 2010 г. (Certificate of honorary professor / certificate №16, march 29, 2010, Mongolia, Ulaanbaatar, National center for infectious diseases with natural foci). За научную деятельность награжден в 2021 г. Медалью В.И. Вернадского (Неправительственный экологический фонд имени В.И. Вернадского), в 2020 году Почетной грамотой Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.

Автор более 110 научных трудов. Под руководством защищена 1 кандидатская диссертация.

Публикации

Сотрудники лаборатории

1. Кононова Юлия Владимировна
   старший научный сотрудник, кандидат биологических наук
   yuvkononova@frcftm.ru
2. Казачкова Евгения Александровна
   младший научный сотрудник
3. Кокина Татьяна Сергеевна
   младший научный сотрудник
4. Мархаев Александр Геннадьевич
   младший научный сотрудник
5. Жигалин Александр Владимирович
   старший научный сотрудник (внеш. совм.)
6. Качкин Михаил Владимирович
   научный сотрудник (внеш. совм.)
7. Ромадинов Захар Леонидович
   лаборант
8. Макарова Екатерина Константиновна
   лаборант
9. Глушков Анатолий Витальевич
   Лаборант (внеш. совм.)
10. Плаксина Софья Алексеевна
    лаборант